Operasyon tamamen lokal anestezi altında gerçekleştirildiği için hasta işlem sırasında kesinlikle ağrı veya acı hissetmez. Çene cerrahi uzmanı tarafından diş etinde küçük bir kesi açılarak kistin bulunduğu kemik alanına ulaşılır ve kist tüm zarı ile birlikte temizlenir. Kistin bıraktığı kemik boşluğu çok büyükse, o bölgenin hızlı ve sağlıklı kaynaması için kemik tozu (greft) uygulaması yapılarak dikiş atılır.